Schulangst und Schulphobie haben verschiedene Ursachen, oftmals kommen mehrere Faktoren zum Tragen.
Schulangst ist in erster Linie durch Leistungsdruck begründet. Dies kann aus verschiedenen Gründen der Fall sein: wenn das Kind den Anforderungen nicht gewachsen ist oder Probleme mit dem konzentrierten Lernen hat (z. B. bei ADHS = Aufmerksamkeits-Defizit-Hyperaktivitäts-Störung). Manchmal sind Krankheits- oder Verletzungsphasen der Auslöser, die zu einem längeren Fehlen in der Schule geführt haben. Das Kind hängt im Schulstoff hinterher. Oftmals sind die Eltern für den Stress verantwortlich, weil sie vom Kind eine höhere Leistung verlangen, als es unter normalen Umständen schaffen kann. Außerdem kann die Leistungsangst nach ein paar Rückschlägen wie z. B. in den Sand gesetzten Klassenarbeiten steigen.
Oftmals spielt die soziale Angst eine Rolle. Betroffen sind dann ohnehin schon schüchterne, kontaktscheue Kinder, bei denen Erlebnisse wie Hänseleien oder Gewalt zu einer Art Schulangst führen.
Eine Schulphobie dagegen ist vorwiegend durch die Angst begründet, sich von den vertrauten Personen zu entfernen (Trennungsangst). Solche Kinder haben noch nicht genügend Eigenständigkeit erlangt. Nicht selten ist das familäre Umfeld bei den Betroffenen problembehaftet. Andererseits sind oft Kinder betroffen, die von den Eltern besonders verwöhnt und von den „Gefahren" der Außenwelt abgeschirmt wurden. Hierbei können auch Ängste der Eltern eine Rolle spielen.